Em face do elevado número de pedidos de cooperação judiciária internacional, em matéria penal, expedidos anualmente a partir do Algarve, foi criada uma Coordenação de Cooperação Judiciária Internacional na comarca de Faro, a cargo de uma Procuradora da República sediada em Portimão.

Essa coordenação orienta no Algarve, em permanente articulação com a Procuradoria-Geral da República (enquanto autoridade central para efeitos de receção e transmissão de pedidos), a atividade do MP e apoia toda a área da cooperação judiciária internacional, designadamente, na elaboração, expedição e cumprimento das cartas rogatórias expedidas pelo DIAP de Faro e Instâncias Centrais e Locais de Faro. Articula-se, também, com a EUROJUST e com a Rede Judiciária Europeia.

No primeiro semestre de 2016 foram recebidos para expedição, no Núcleo de Coordenação da Cooperação Judiciária Internacional da comarca de Faro, 126 pedidos de cooperação judiciária internacional, dos quais:

29 foram expedidos para o Reino Unido e Irlanda

22 foram expedidos para Espanha

15 foram expedidos para a Alemanha

15 foram expedidos para França

5 foram expedidos para a Holanda

Foram ainda remetidos pedidos de cooperação judiciária internacional para o Canadá, Noruega, Luxemburgo, Angola, Ucrânia, Guiné-Bissau, Suécia, Malta, E.U.A., Tailândia, Cabo Verde, Roménia, Albânia, Polónia, Suíça, Timor, Bélgica e Itália.